Rok 2000 producent postanowił uczcić produkcją specjalnych wersji gitar. Milenijne instrumenty należą do serii: JEM – sygnowanej przez Steve Vai’a, JS – sygnowanej przez Joe Satriani’ego
i GB – sygnowanej przez George Bensona. Model JEM2K oferowany będzie w specjalnym wykończeniu multi-color, znanym choćby z siedmiostrunowej wersji Ibanez Universe. Na podstrunnicy umieszczono symboliczny rysunek DNA. Płytka na której zamontowano przetworniki i potencjometry jest fluorescencyjna. Instrument wyposażono w trzy przetworniki DiMarzio Breed (H-S-H). Wartość instrumentów podnosi dodatkowo fakt, że malowaniem korpusów zajmuje się jeden człowiek, wynajęty przez producenta tylko na jeden tydzień. Oznacza to, że JEM2K to będzie bardzo krótka i wyjątkowa seria… JS2K ma korpus wykonany z akrylu, co znacznie utrudniło proces produkcyjny. Listę zamyka równie wyjątkowy model GB2K. Milenijne serie objęły także nowe wersje leworęcznych gitar serii RG i GRX. RG3120 ma mahoniowy korpus z wierzchnią płytą z klonu wzorzystego, progi jumbo i dwa przetworniki DiMarzio: Tone Zone i Paf Pro. Model RG7-420L to siedmiostrunowy instrument dla leworęcznych. Jego korpus wykonano z drewna lipy. Na podstrunnicę nabito progi jumbo. Gitarę wyposażono w dwa przetworniki V77.
RG470L, to sześciostrunowa gitara z lipowym korpusem, progami jumbo i trzema przetwornikami: V7, S1 i V8 (H-S-H). Listę gitar leworęcznych zamykają dwa prostsze modele: RG270L i GRX70L. Ibanez nie zapomniał również o leworęcznych basistach. Trzy nowe modele, to: SR885L, SR300DXL i GSR200L. Pięciostrunowy bas oznaczony symbolem SR885L ma korpus wykonany z drewna lipy, progi medium, mostek accu-cast b25 i dwa przetworniki ADX.
Czterostrunowy SR300DXL ma korpus z agathisu, progi medium i dwa przetworniki IBZ DX typu J i P. Korpus trzeciego instrumentu wykonano również z agathisu. Podobny jest też układ przetworników J i P, zastosowano tu jednak przetworniki Powersound. Gitarzyści praworęczni doczekali się trzech nowych wersji modeli w serii RG. RG450LTD1 ma korpus wykonany z drewna lipy, progi jumbo, perłową płytkę i trzy przetworniki IBZ: V6F, RTS, V6F. RG 520FS od wersji 520 różni się budową korpusu, do którego w tym wypadku użyto drewna mahoniu i sapele na płytę wierzchnią. Do coraz popularniejszych wersji siedmiostrunowych dołączono model RG7-420 z klonowym korpusem, progami jumbo i dwoma przetwornikami V77. Basiści praworęczni otrzymali do dyspozycji nowy czterostrunowy bas w serii BTB. Model BTB850SPW ma trzyczęściowy korpus (mahoń/sapele/orzech), progi medium i przetworniki DFR. Do serii SR dołączył czterostrunowy model SR885SM z korpusem z mahoniu i saman. Nowa seria efektów TONE-LOK powiększona została o kolejny model – SH7 7TH HEAVEN.